Η Εθνική Τράπεζα της Ελλάδος από το ξεκίνημά της έλαβε την απαραίτητη πρόνοια για τη σωστή ταξινόμηση και φύλαξη των παραγόμενων υπηρεσιακών εγγράφων. Στο πρώτο της οργανόγραμμα του 1842, που φέρει τον τίτλο Έκθεσις της εις τα διάφορα τμήματα διαιρέσεως της υπηρεσίας, αναφέρεται για το θέμα αυτό: «ο Πρωτοκολλιστής […] τηρεί υπό την ευθύνην του το αρχείον της Τραπέζης, φυλάττων εν αυτώ μεθοδικώς και εν τάξει άπαντα τα έγγραφα».
Ήδη στο τέλος του 19ου αιώνα, το 1894, εκδίδεται ένα τυπωμένο ευρετήριο 280 σελίδων με τίτλο Εθνική Τράπεζα της Ελλάδος, Γενικά Αρχεία, στο οποίο καταγράφεται το σύνολο του αρχειακού υλικού της Τράπεζας, που φυλάσσεται σε 110 ερμάρια, τοποθετημένα σε επτά αριθμημένα δωμάτια στο Κεντρικό Κατάστημα της οδού Αιόλου.
Τη δεκαετία του 1920 η Τράπεζα κατασκευάζει ένα κτήριο ειδικά προορισμένο για αρχεία, το πρώτο και μόνο μέχρι σήμερα τέτοιο κτήριο στη χώρα μας, όπου τοποθετούνται τα υπηρεσιακά αρχεία της Τράπεζας. Την επόμενη δεκαετία καταρτίζεται νέο πληρέστερο ευρετήριο, στο οποίο αναφέρονται και οι εκκαθαρίσεις που έχουν μεσολαβήσει. Το ευρετήριο αυτό υπάρχει σε δακτυλογραφημένη μορφή. Για πρώτη φορά έγινε προσπάθεια διαχωρισμού αρχειακού υλικού της Τράπεζας ιστορικού ενδιαφέροντος και διάθεσή του για ερευνητικούς σκοπούς με την Πράξη του διοικητή Ιωάννη Δροσόπουλου αρ. 144 της 20ής Ιουλίου 1938, όπως αυτή εξειδικεύτηκε με την Εγκύκλιο Διοικήσεως 26 της 6ης Αυγούστου 1938. Σκοπός της ήταν η συγγραφή της ιστορίας των εκατό πρώτων χρόνων της Τράπεζας.
O Δεύτερος Παγκόσμιος Πόλεμος που ακολούθησε ανέστειλε τους εορτασμούς της εκατονταετίας, που είχαν οριστεί για το 1941. H εμφυλιακή και μετεμφυλιακή περίοδος στη συνέχεια δεν επέτρεψαν την προώθηση της συγγραφής της ιστορίας της ΕΤΕ. Το 1962 με την Πράξη αρ. 169 της 19ης Oκτωβρίου του διοικητή Δ. Χέλμη συστήνεται εκ νέου το Ιστορικό Αρχείο της Τράπεζας προκειμένου να οργανώσει τον εορτασμό για τα 125 χρόνια λειτουργίας της Εθνικής το 1966. O εορτασμός οργανώνεται με επιτυχία, αλλά η δικτατορία του 1967 σταματά και πάλι τις δραστηριότητες του Ιστορικού Αρχείου.
Το 1977 με την Πράξη αρ. 261 της 25ης Ιουλίου του διοικητή Άγγ. Αγγελόπουλου επαναδραστηριοποιείται το Ιστορικό Αρχείο, συστήνεται Επιτροπή Ιστορίας της ΕΤΕ, επικεφαλής της οποίας τίθεται ο υποδιοικητής Παν. Τζαννετάκης και διερευνάται η δυνατότητα δημιουργίας μουσείου της Τράπεζας. Το νέο αυτό ξεκίνημα μπορεί να θεωρηθεί ως η απαρχή της δραστηριότητας του Ιστορικού Αρχείου, η οποία συνεχίζεται μέχρι σήμερα.
Ο εικοστός πρώτος αιώνας βρίσκει το Ιστορικό Αρχείο της Εθνικής Τράπεζας σε πορεία γενικής αναβάθμισης. Αποφασίστηκε και πραγματοποιήθηκε η μετεγκατάστασή του σε μόνιμη έδρα, στο κτήριο της οδού 3ης Σεπτεμβρίου, το οποίο είναι το πρώτο κτήριο που κατασκευάστηκε στην Ελλάδα για να στεγάσει αρχεία. Η κατασκευή του ολοκληρώθηκε το 1926 και μέχρι το 2000 στέγαζε το Γενικό Αρχείο της Τράπεζας. Από τον Σεπτέμβριο του 2000 έως τον Σεπτέμβριο του 2001 έγιναν στο κτήριο αυτό αναπλάσεις, στερεώσεις και εγκατάσταση νέων υποδομών, ώστε να αποτελεί σήμερα ένα από τα πλέον σύγχρονα κτήρια αρχείων. Η μονάδα του Ιστορικού Αρχείου αναβαθμίστηκε σε ανεξάρτητη υποδιεύθυνση, η οποία τελεί υπό την άμεση εποπτεία της Διοίκησης. Εκχωρήθηκαν στην αρμοδιότητά του η φύλαξη και η διαχείριση όλων των συλλογών της Τράπεζας, πλην της καλλιτεχνικής. Δημιουργήθηκε η κατάλληλη υποδομή για την ανάδειξη του πλούτου των ιστορικών τεκμηρίων, τα οποία η διαχρονική, από την ίδρυση της Τράπεζας, εταιρική κοινωνική ευθύνη, που χαρακτηρίζει το πρώτο πιστωτικό ίδρυμα της χώρας, είχε την πρόνοια να διαφυλάξει, ώστε να πλουτίζει την ιστορική γνώση των επερχόμενων γενεών.
Το 2002 και το 2006 εγκαινιάστηκαν επίσημα οι δύο πρώτες εκθέσεις που πραγματοποίησε στο χώρο του το Ιστορικό Αρχείο. Η Τράπεζα προχώρησε, για πρώτη φορά στην Ελλάδα στον τραπεζικό τουλάχιστον χώρο, στην πρόσληψη αρχειονόμων με δημόσιο διαγωνισμό για τη συμπλήρωση της στελέχωσης του Ιστορικού Αρχείου. Από το 2005 δημιουργήθηκε υπηρεσία η οποία διαχειρίζεται και προωθεί τις επισκέψεις στους χώρους των αρχείων και στις εκθέσεις, και πραγματοποιεί εκπαιδευτικά προγράμματα για όλες τις βαθμίδες της εκπαίδευσης.
